，前身系1940年8月在重庆北碚成立的中国地理研究所，目前是全国唯一以湖泊-流域系统为主要研究对象的国立综合研究机构，主导着中国湖泊科学的发展方向，并在国际上具有重要影响。中国科学院院士黄秉维、任美锷、周立三曾先后担任过所长。

    在八十余年的辉煌所史中，研究所系统开展了我国湖泊综合调查与科学考察，创建了我国湖泊流域科学研究的理论体系；开辟了中国湖泊沉积与全球变化研究，奠定了古湖沼学与过去全球变化研究在国内的领先地位；开拓了我国湖泊湿地资源高效利用模式，有效解决了20世纪60-70年代食物资源短缺、蛋白质供给不足等民生问题；开创了中国国情分析研究，率先提出了建立节约型国民经济体系的主张；开展了中国农业区划研究与专题地图编制，推动中国区域地理学的发展；拓展了中国沿海海面变化与区域响应及长江流域可持续发展综合研究等。

    如今，研究所面向学科前沿和国家需求，长期聚焦湖泊-流域关键过程与多要素相互作用机理、湖泊-流域系统演变及对人类活动的响应与综合管理两大基础科学问题；围绕湖泊生态系统演化、湖泊环境治理、流域地理与可持续发展三大学科领域，着力发展湖泊沉积与环境演变、湖泊生物与生态、物理湖泊与水文、湖泊环境与工程、湖泊-流域过程与调控、流域资源与生态环境、区域人文经济地理、遥感与地理信息科学八个研究方向，满足国家在湖泊-流域环境治理与生态修复、区域可持续发展规划与评估两个应用研究领域的重大需求，奠定研究所在国家科技创新体系中引领湖泊-流域科学创新发展的地位。

    目前研究所拥有一流的国家级研究平台，建有湖泊与流域水安全重点实验室(由湖泊与环境国家重点实验室重组建设，已经由中国科学院批复)、中国科学院流域地理学重点实验室、中国科学院湖泊环境治理与生态修复工程实验室3个科研平台，所级公共技术中心、信息中心2个公共支撑平台，以及太湖湖泊生态系统研究站（国家站）、鄱阳湖湖泊湿地综合研究站（国家站）、抚仙湖高原深水湖泊研究站、呼伦湖生态系统定位观测研究站、天目湖流域生态观测研究站、东非大湖与城市生态研究站、千岛湖生态系统研究站共7个湖泊野外观测站。

    近五年来，研究所获得省部级以上奖励17项，包括江苏省科学技术一等奖3项，环境保护科学技术一等奖1项。发表论文2000余篇，其中SCI论文1500余篇，一区二区SCI论文近1000篇。据最新ESI排名，研究所环境学及生态学、地学、工程学以及植物与动物科学、社会科学5个学科跻身全球前1%，高被引论文达54篇。

    截至目前，研究所共有在职职工近300人，其中研究员及正高级工程师近70人，副研究员及高级工程师近100人。国家高层次人才 60 余人，其中国家杰出青年科学基金获得者9人、国家优秀青年基金获得者（含海外优青）9人。现设有地理学、环境科学与工程2个一级学科博士研究生培养点，自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统、环境科学等4个二级学科博士研究生培养点，自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统和环境科学等4个二级学科硕士研究生培养点以及资源与环境类别工程硕士（环境工程、城市与区域规划 2 个研究方向）全日制专业学位培养点，并设有地理学、环境科学与工程一级学科博士后科研流动站。