前身为1940年成立的中国地理研究所，位于南京市风景秀美的玄武湖畔、紫金山麓，环境优雅，人文荟萃，是中国科学院知识创新工程单位。历经80年的发展，已经成为全国唯一以湖泊-流域系统为研究对象的综合研究机构，主导着中国湖泊科学的发展方向，并在国际上具有重要影响，在湖泊物理、湖泊化学、湖泊生物、湖泊沉积与全球变化以及区域可持续发展等领域形成了鲜明的学科特色和研究优势，为我国湖泊资源开发、环境治理以及长江中下游与东南沿海经济发达地区经济可持续发展做出了历史性的重要贡献。

    进入中国科学院知识创新工程以来，南京地理与湖泊研究所的综合实力得到稳步提高。在全所职工的共同努力下，我所围绕国家重大战略需求，结合研究所发展定位和学科布局，在湖泊治理与保护方面建议并承担了一系列重大科研项目，有力的提升了我所的科研实力和地位，为后续重大科研成果产出奠定了良好的基础。当前，我所根据中科院党组的统一部署，全面完成“十三五”规划设计，布局研究所“一三五”资源配置，即围绕研究所开展自然和人文要素驱动下湖泊-流域系统过程、格局及其相互作用与调控机理研究，为湖泊环境保护与资源合理利用、湖泊-流域系统演变与调控、区域可持续发展做出基础性、战略性和前瞻性贡献的战略定位；努力实现湖泊生态系统演变与全球变化、浅水湖泊流域水质管理与生态系统调控、水环境及生态系统监测（模拟）技术及应用三个重大突破；重点培育湖泊沉积与气候变化定量重建、湖泊生物群落结构功能与调控、湖泊复合污染的生态效应与防控治理、流域-湖库生态水文过程与模拟、新型城镇化区域的乡村转型及其资源环境的可持续管理。这必将为南京地理与湖泊研究所的跨越发展注入新的动力。

    放眼未来，南京地理与湖泊研究所将坚持面向世界科技前沿、面向国家重大需求、面向国民经济主战场，继往开来，再接再厉，努力将研究所建设成为学科综合优势显著、地域特色鲜明、国家知识创新体系中不可替代的国际一流的湖泊科学基础研究和高层次人才培养基地、国家湖泊资源利用与环境治理工程技术研究中心、经济发达地区可持续发展科学研究与决策咨询中心。