气候变化正在迅速而密集地改变水生群落和栖息地。之前的工作主要关注潜在驱动因素的直接影响，对生物和生态系统的间接和相互作用影响较少关注。本文概述了湖沼学和海洋学特别关注问题的研究以解决这一知识差距。综述涵盖了从极地到热带地区、从高山溪流到珊瑚礁等不同类型的栖息地。部分研究工作采用时间序列来确定间接影响，并强调我们需要保持高质量的时间序列数据。由于气候变化对水生生态系统的影响正在加速，时间序列变得尤为重要。另一个共同的主题是水生生态系统功能中生理、行为或遗传学中物种特异性特征的作用。在气候变化调查中加入种间和种内变异性可能具有挑战性，特别是因为生态系统研究通常涉及跨时空尺度的环境和生物变量的大参数空间。然而，结果表明，虽然具有挑战性，但纳入物种特异性动力学有助于深刻理解水生生态系统模式和过程机制。另一些研究则利用了生境因干扰或气候变化而发生的变化，记录了中上层和底栖生物群落的复原能力或恢复能力。总体而言，本文记录了多种富有成效的研究与评价方法，为破译水生生态系统对气候强迫的响应提供了丰富信息。如果我们希望能更有效地应对气候变化和其它人类活动的综合影响，并尽量减少对生物多样性和生态系统功能的意外后果的出现，这些信息将为其提供参考。